魚菜共生系統是一種可持續發展的水產養殖系統，通過建立生物循環系統，同時種植蔬菜和魚類，從而達到節約水資源、降低氮素排放、增加食物產出等多重目的。然而，魚菜共生系統也存在以下一些問題：
      1、養殖密度過高：為了提高魚類和蔬菜的生產效率，有些魚菜共生系統可能會采用過高的養殖密度，導致水質長期處于不穩定狀態，影響養殖效果。

      2、飼料質量差：許多魚菜共生系統會采用廉價的飼料，這些飼料的成分和質量難以保證，可能會引起水環境的污染，并增加養殖成本。

     3、病蟲害防治問題：對于某些病蟲害的防治，化學藥物和某些農藥可能會危害到水質和環境，從而影響養殖效益。
     4、水質監測不足：定期監測水質、排放和氮素循環等參數對于魚菜共生系統的運行非常重要。然而，由于缺少專業的水質監測設備和專業人員，許多魚菜共生系統未能進行充分的水質監測和排放監測，難以有效控制養殖過程中的各項指標。
     5、土壤污染問題：在魚菜共生系統中，由于頻繁施肥和飼料浸泡在水中，可能會導致土壤污染和長期老化。